上場株式等の譲渡所得等の損失は、上場株式等の配当等（特定公社債等の利子所得および申告分離課税を選択した上場株式等の配当所得）と損益通算することが可能です。
源泉徴収口座（源泉徴収ありの特定口座）で、かつ配当等を特定口座で受入れている場合は、証券会社が計算し、源泉徴収された税額が過大となる場合は、翌年1月に源泉徴収税額を清算（過徴収額を還付）します。なお、特定口座上その年の譲渡所得として計算されるのは、その年内に受渡しされるものです。