いわゆる税制割引債の譲渡および償還による所得は、原則として、上場株式等の譲渡所得等として、所得税および復興特別所得税15.315％と住民税5％の合計20.315％の申告分離課税です。

預かり区分や受取方法による徴収方法は下記のとおりです。
■特定口座預かり（源泉徴収あり）
特定口座の取得コストで損益を計算し、源泉徴収税額がある場合は円貨で徴収します。償還金を外貨受取する場合、別途円貨が必要です。
■特定口座預かり（源泉徴収なし）
特定口座の取得コストで損益を計算します。源泉徴収はありません。
■一般口座預かり
実際の損益にかかわらず、「みなし割引率」に基づき源泉徴収します。
そのため、税制割引債の償還は原則として確定申告が必要となります。
申告時に、実際の償還差損益に基づき納付すべき税額を計算し、償還時に源泉徴収された税額が過大である時は、納付すべき税額から控除する（あるいは還付を受ける）ことになります。

詳細はこちらをご覧ください。（FP情報 税制割引債の源泉徴収）