総合課税を選択すると配当控除を適用することができます。
申告分離課税を選択すると、上場株式等の譲渡所得等の損失との通算することができます。
なお、どちらの選択が有利となるかは、居住者等の所得水準や上場株式等の譲渡所得等の損益状況等によって異なります。