原則、確定申告は不要です。
ただし、例えば、証券会社2社で取引をしていて、一方は「源泉徴収ありの特定口座」で100万円の損失、もう一方は「源泉徴収なしの特定口座」で80万円の利益の場合、確定申告書に株式の譲渡損益の申告が漏れると、確定申告書提出時点で「源泉徴収ありの特定口座」の損失が消滅してしまいます。
これは「源泉徴収ありの特定口座」でその取引について「確定申告不要」を選択したとみなされるためです。
そのため、「源泉徴収なしの特定口座」の利益だけ残ることになり、結果、その利益について申告洩れとなり、修正申告が必要になります。